부가가치세법 개정안 및 최근 변화 동향

2025년 부가가치세법 개정 배경과 입법 취지

 2025년 부가가치세법 개정은 디지털 전환 가속화와 소규모 사업자의 세 부담 완화, 그리고 과세 형평성 확보라는 시대적 요구를 반영한 결과이다. 코로나19 이후 비대면 거래가 급증하면서 전자상거래 등 비정형적 공급 방식이 늘어났고, 기존 부가가치세 체계로는 세원 포착과 공정 과세가 어렵다는 지적이 있었다. 이에 따라 정부는 세제의 효율성과 형평성 제고를 위해 전자세금계산서 발행 확대, 간이과세자 기준 조정, 전자상거래 과세 규정 명확화 등의 제도 개선을 단행하였다. 또한 납세자의 신고 편의성 제고를 위한 디지털 행정 인프라도 함께 구축되어 부가가치세 제도의 현대화가 진행 중이다.

 

간이과세자 기준 상향과 영향 분석

 2025년 개정안에서 가장 눈에 띄는 변화는 간이과세자 기준의 상향이다. 기존 연 매출 8,000만 원 이하였던 간이과세자 요건이 1억 원으로 조정되어 약 5만 명 이상의 사업자가 간이과세 혜택을 받게 되었다. 이에 따라 납세자의 부가가치세 신고·납부 부담이 줄어들고, 특히 소매업, 음식업 등 영세 자영업자들이 혜택을 볼 것으로 기대된다. 다만 간이과세자는 세금계산서를 발행할 수 없기 때문에 일반과세 거래처와의 거래에는 제약이 따를 수 있으며, 이로 인해 거래 구조를 재편해야 하는 경우도 발생한다. 또한 연간 공급대가 4,800만 원 미만이면 납부세 자체가 면제되는 제도 역시 그대로 유지된다.

 

전자세금계산서 제도 확대 및 발행의무 강화

 2025년부터는 간이과세자 중에서도 연매출이 8천만 원 이상인 경우에는 전자세금계산서 발행 의무가 적용된다. 일반과세자의 경우와 마찬가지로 세금계산서 발행 후 다음 달 10일까지 국세청에 전송해야 하며, 미전송 시 가산세가 부과된다. 특히 지연 전송 가산세는 공급가액의 0.5%, 미전송은 1%로 강화되었다. 실무적으로는 전자세금계산서 발행 시스템을 사전에 구축하고, 거래 발생 즉시 자동으로 발행되도록 설정해 두는 것이 권장된다. 더불어 수정세금계산서를 발행할 때는 사유코드 선택이 의무화되어 허위·과다 수정에 대한 관리가 강화되었다는 점도 유의해야 한다.

 

전자상거래 플랫폼과 공급자 과세기준 정비

개정안은 전자상거래 사업자의 공급 책임 및 과세 주체를 명확히 규정하였다. 특히 플랫폼 형태로 재화나 용역을 공급하는 경우, 실질적인 공급 주체가 플랫폼인지 개별 판매자인지를 기준으로 부가가치세 과세 대상이 달라진다. 예컨대 플랫폼이 거래 중계뿐 아니라 결제, 배송, 고객 응대를 모두 담당한다면 실질 공급자로 간주되어 부가가치세를 납부해야 한다. 또한 외국 전자상거래 사업자도 국내 소비자를 대상으로 일정 규모 이상 거래 시, 한국에 등록 후 부가가치세를 신고해야 하며, 홈택스를 통한 간편 신고 시스템도 도입되었다. 이에 따라 플랫폼 기반 사업자들은 공급 구조와 계약 조건을 명확히 검토해야 한다.

 

매입세액 공제요건 명확화 및 실무 유의점

 2025년 개정안에서는 매입세액 공제 요건이 보다 엄격하게 정비되었다. 사업 관련성이 불분명한 비용, 예컨대 임원 개인 사용 경비나 접대비 등은 매입세액 공제가 제한되며, 실제 지출 여부와 사업 사용 목적을 입증할 수 있는 자료가 요구된다. 특히 일정 규모 이상의 법인의 경우 매입세액 공제 항목에 대한 외부 감사나 국세청 사후검토가 강화되므로 계약서, 세금계산서, 입금증 등을 정리해 두는 것이 중요하다. 또한 현금거래나 증빙 누락된 거래에 대해서는 매입세액 공제가 불인정되므로, 실무자는 매입 거래처 관리와 증빙 확보에 만전을 기해야 한다.

 

의제매입세액 공제율 변경과 적용 제한 사항

 의제매입세액 공제율은 특정 업종에 한해 조정되었으며, 특히 농산물·수산물 원재료를 사용하는 제조업체의 공제율이 종전보다 소폭 하향되었다. 104분의 4였던 공제율이 103분의 3으로 낮아져 해당 업종의 부가가치세 부담이 다소 증가하였다. 또한 의제매입세액 공제를 적용받기 위해서는 면세 물품에 대한 구입 명세서를 반드시 보관하고 있어야 하며, 이를 누락할 경우 전체 공제가 배제될 수 있다. 실무에서는 공급자의 면세사업자 여부를 확인하고, 의제매입 관련 증빙을 별도로 분리·보관하는 것이 권장된다.

 

AI기반 세무관리 시스템 도입과 사후관리 강화

 2025년부터 국세청은 AI 기반의 부가가치세 분석 시스템을 도입하여 전자세금계산서, 홈택스 자료, 카드매출 정보 등을 실시간으로 연계 분석하고 있다. 이 시스템은 반복적인 수정세금계산서 발행, 고액 매입누락, 이상 거래 패턴 등을 자동 탐지하며, 탈세 의심 거래에 대해서는 비정기 세무조사로 연결될 수 있다. 따라서 납세자는 단순히 기한 내에 신고하는 것만이 아니라, 거래의 정당성과 적법성, 그리고 사후관리 체계까지 함께 갖추는 것이 필요하다. 중소기업이나 법인의 경우 회계시스템과 연동된 전자신고 솔루션을 도입하여 오류 가능성을 최소화하는 방식으로 대응하는 것이 바람직하다.