사업 양도 시 부가가치세 신고 및 세금 처리

사업양도의 개념과 부가가치세 적용 범위

 부가가치세법상 ‘사업양도’란 사업자가 특정 사업에 관련된 유형자산, 무형자산, 계약, 채권·채무 등 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 이전하는 것을 의미한다. 단순히 자산 일부를 매각하는 경우와는 구분되며, 실질적으로 해당 사업을 계속적으로 이전받는 것을 전제로 한다. 2025년 기준 부가가치세법 제6조 제6항에 따라 ‘사업의 양도’는 부가가치세가 면제되며, 이를 ‘공급으로 보지 아니한다’고 규정하고 있다. 따라서 양도자는 해당 사업의 자산이나 채권양도에 대해 부가가치세를 부과하지 않으며, 양수자 또한 매입세액 공제를 적용할 수 없다. 그러나 이 면세 적용을 받기 위해서는 ‘사업의 포괄적 양도’ 요건을 충족해야 하며, 실질적인 사업 승계 여부가 중요하게 작용한다.

 

부가가치세 면제 요건과 요주의 사항

 사업양도 시 부가가치세가 면제되기 위해서는 사업의 ‘포괄적 양도’ 요건을 충족해야 한다. 이는 일정한 사업 단위로 독립적인 기능을 갖춘 사업체 전체가 양도되는 것을 의미하며, 단순한 자산 또는 재고만의 이전은 해당되지 않는다. 특히 임대차 계약, 고용계약, 고객정보, 사업허가 등도 일체로 이전되는 것이 이상적이다. 부가가치세가 과세되지 않으려면 양도인은 해당 사실을 부가가치세 신고 시 명확히 기재해야 하며, 국세청은 형식이 아닌 실질을 중시하여 과세 여부를 판정한다. 형식상 계약서만으로 판단하지 않고, 실질적으로 사업운영권이 이전되었는지가 핵심이다. 따라서 계약 체결 시 세무사 등 전문가의 검토를 통해 면세 요건을 사전에 충족하는 것이 중요하다.

 

세금계산서 발행 여부와 신고 방법

 사업의 포괄적 양도는 부가가치세법상 ‘공급으로 보지 아니하는 거래’로 분류되므로, 양도자와 양수자 간에는 세금계산서를 발행할 필요가 없다. 오히려 세금계산서를 발행하게 되면 과세 거래로 간주되어 부가가치세 납부 의무가 발생할 수 있으므로 유의해야 한다. 대신 계약서와 거래명세서를 통해 거래 사실을 입증해야 하며, 사업양도 사실은 부가가치세 확정신고서나 예정신고서에 명시하여 국세청에 통지해야 한다. 신고서상 ‘사업의 양도’ 항목을 체크하고, 관련 첨부서류(양도계약서 등)를 제출하는 것이 필요하다. 신고 누락 시 과세 당국의 추징 대상이 될 수 있으므로 정확하고 성실한 신고가 요구된다.

 

사업양수인의 세무상 주의점과 등록 절차

 양수인은 사업양수 후 반드시 사업자등록 정정을 하거나 신규 등록을 해야 하며, 이전 사업자의 부가가치세 신고와는 별개로 자신의 납세의무를 갖는다. 특히 포괄적 양수에 따라 자산을 인계받았다 하더라도, 이는 매입세액 공제의 대상이 아니며, 양수한 자산에 대해 감가상각, 매출 활용 등에 대한 세무상 처리를 적절히 수행해야 한다. 또한 종전 사업자가 면세사업자였는지, 과세사업자였는지에 따라 향후 세무처리 방식도 달라질 수 있으므로 양수인은 인수 전 철저한 실사를 통해 세무위험을 점검해야 한다. 아울러 사업 양수 후의 첫 부가가치세 신고 시에는 인수 시점에 발생한 재고자산, 매출채권 등에 대한 회계처리와 세금계산서 수수 여부 등을 명확히 정리해야 한다.

 

매입세액 공제와 부당공제 방지 유의사항

 사업의 양도는 부가가치세가 면세되는 거래이므로, 양수인은 양도자로부터 이전받은 자산에 대한 매입세액 공제를 받을 수 없다. 예컨대 기계장비, 비품, 원재료 등을 함께 양수받았더라도 이는 과세거래가 아니므로 매입세액 공제를 신청할 경우 부당공제로 간주되어 가산세 등의 불이익을 받을 수 있다. 단, 부가가치세가 과세되는 자산만 별도로 분리하여 과세거래로 취급하는 경우는 예외이며, 이 경우에는 세금계산서를 정상적으로 수수하고 매입세액 공제를 적용받을 수 있다. 그러나 실제로는 포괄양수도 계약에서 이처럼 부분 과세 처리하기는 쉽지 않기 때문에, 실무적으로는 전체를 면세거래로 처리하고 이후 자산에 대한 회계 처리를 명확히 하는 것이 일반적이다.

 

부가가치세 외 다른 세목과의 연계 고려

 사업양도 시 부가가치세뿐 아니라 소득세, 법인세, 취득세 등 다른 세목과의 연계도 반드시 고려해야 한다. 특히 부동산을 포함한 사업양도의 경우, 부가가치세는 면세되더라도 부동산에 대해서는 취득세가 발생할 수 있으며, 법인 간 거래라면 양도차익에 대한 법인세 문제가 수반된다. 또한 종합소득세 신고 시 양도소득으로 인식될 수 있는 항목이 있는지 확인해야 하며, 양수인 또한 일정한 경우 자산취득 후 감가상각 방법을 재설정하거나 회계정책 변경을 수반해야 할 수 있다. 부가가치세만을 고려한 판단은 실제 세금 부담을 과소평가할 수 있으므로, 전체 세무구조를 분석한 통합적인 접근이 필요하다.

 

실무상 사업양도 계약서 작성 시 체크포인트

 실무에서 사업양도 계약서를 작성할 때에는 반드시 ‘사업의 포괄적 양도’임을 명시해야 하며, 부가가치세 면세 여부에 대한 양 당사자의 인식이 일치되어야 한다. 계약서에는 양도 대상 자산 목록, 채권·채무 이전 조항, 고용승계 조항, 권리·의무 포괄승계 조건 등이 포함되어야 하며, ‘본 계약은 부가가치세법 제6조 제6항에 따른 사업의 포괄적 양도로 간주함’이라는 문구를 삽입하는 것이 안전하다. 계약 체결 후에는 양도자는 부가가치세 신고 시 국세청에 해당 사실을 신고하고, 양수자는 사업자 등록 변경 및 정기세무신고 절차를 이행해야 한다. 부정확한 계약서 작성으로 인해 과세로 전환될 수 있으므로, 세무전문가의 자문을 받아 계약을 체결하는 것이 중요하다.