비영리법인의 부가가치세 납부 의무

비영리법인과 부가가치세 과세 대상

 비영리법인은 통상 영리 목적이 없는 단체로 분류되지만, 이들이 수행하는 모든 활동이 부가가치세 과세 대상에서 제외되는 것은 아니다. 2025년 부가가치세법 제4조는 재화 또는 용역의 공급에 대해 대가를 수취하는 경우에는 사업자 여부와 무관하게 과세 대상이 될 수 있다고 규정한다. 예컨대 비영리재단이 주최하는 유료 공연, 교육기관이 제공하는 유료 강의, 종교단체의 임대사업 등은 모두 과세 대상이 될 수 있다. 즉, 비영리법인의 고유 목적사업 외의 수익 활동은 과세 대상으로 간주되며, 이에 따라 부가가치세 납부의무가 발생하게 된다.

 

사업자등록과 비영리법인의 의무

 비영리법인이 수익사업을 수행하는 경우에는 반드시 국세청에 사업자등록을 해야 한다. 2025년 현재, 국세청은 고유 목적사업과 수익사업을 명확히 구분하여, 수익사업 부분에 대해서만 사업자등록을 하도록 권고하고 있다. 만약 사업자등록 없이 재화나 용역을 공급할 경우, 무등록 가산세 부과는 물론 세금계산서 발행이 불가능해져 거래 상대방과의 분쟁 및 매입세액 공제 불인정 등의 불이익이 발생할 수 있다. 특히, 사회복지법인, 재단법인, 학교법인 등은 일정 수익 활동에 대해 반드시 사업자등록을 하고 관련 부가가치세 의무를 이행해야 한다.

 

수익사업의 범위와 과세 여부

 비영리법인이 수행하는 활동 중 과세 대상이 되는 수익사업을 명확히 구분하는 것이 중요하다. 아래는 주요 수익사업과 과세 여부를 정리한 표이다.

수익사업 예시	과세 여부	비고
유료 교육프로그램 운영	과세	일반 소비자 대상 유료 교육은 과세 대상
기념품 판매	과세	제조 또는 외부 구매 후 판매하는 경우 포함
장소 임대(행사장, 회의실 등)	과세	고정 임대료를 받고 제공할 경우
교회 헌금 및 기부금	면세	고유 목적사업에 해당되므로 과세 제외
종교적 서적의 무상 배포	면세	대가 없는 무상 제공은 과세 대상 아님

 이와 같이 비영리법인의 활동이라 하더라도 ‘대가성’이 있는 거래는 과세 대상으로 분류된다. 따라서 고유 목적사업과 수익사업의 회계를 구분하고, 수익사업에 해당하는 거래는 철저히 과세대상으로 보고 처리해야 세무 리스크를 줄일 수 있다.

 

면세규정과 예외 사항

 부가가치세법 제26조는 교육, 복지, 종교 등 일부 고유 목적사업을 면세 대상으로 규정하고 있다. 예를 들어, 초중고등학교에서 징수하는 수업료나 등록금, 종교단체의 헌금, 비영리기관이 받는 국가보조금은 부가가치세 면세에 해당된다. 그러나 이러한 면세 규정은 엄격하게 적용되며, 수익사업과 섞여 있는 거래의 경우 면세 여부를 오해하기 쉽다. 예컨대 유치원에서 제공하는 방과후 유료 프로그램은 교육 목적이더라도 면세가 아닌 과세 대상이 될 수 있다. 비영리법인은 반드시 각 거래의 실질적 성격을 파악해 과세 또는 면세 여부를 판단해야 하며, 분리 기장 원칙을 철저히 지켜야 한다.

 

세금계산서 발급 의무

 비영리법인이 수익사업을 통해 재화나 용역을 공급하고 대가를 받은 경우, 일반과세자와 동일하게 세금계산서를 발행해야 한다. 2025년 기준으로 전자세금계산서의 발급이 의무화되어 있으며, 거래일이 속한 달의 다음달 10일까지 국세청에 전송해야 한다. 발급을 누락하거나 지연할 경우, 건당 일정액의 가산세가 부과될 수 있고, 매입세액 공제 또한 불인정될 수 있다. 또한, 거래 상대방이 법인이거나 사업자인 경우, 세금계산서 수취를 요구하는 경우가 많기 때문에 발급 의무를 성실히 이행해야 한다.

 

부가가치세 신고 및 납부 절차

 비영리법인의 수익사업에 따른 부가가치세는 일반 사업자와 동일한 방식으로 신고·납부해야 한다. 부가가치세는 연 2기의 과세기간으로 나뉘며, 제1기는 1월 1일부터 6월 30일까지, 제2기는 7월 1일부터 12월 31일까지이다. 각 과세기간의 중간에 예정신고(1기 예정: 4월 25일, 2기 예정: 10월 25일)를, 종료 후 확정신고(1기 확정: 7월 25일, 2기 확정: 다음 해 1월 25일)를 해야 한다. 이 과정에서 고유 목적사업과 수익사업 간 회계가 혼합되어 있다면 세액 계산이 누락되거나 과다 계산될 수 있으므로, 회계 시스템 내 구분 계정을 사용하는 것이 중요하다.

 

가산세와 세무 리스크 관리

 비영리법인이 세금 신고를 누락하거나 세금계산서를 발급하지 않으면, 각종 가산세가 부과될 수 있다. 대표적으로는 부가가치세 신고불성실가산세(과소 신고 시 10~20%), 납부불성실가산세(납부 지연 시 지연일수에 따라 일별 이자율), 세금계산서 미발급가산세(2%) 등이 있다. 수익사업의 규모가 커질수록 이러한 리스크도 함께 증가하므로, 사전에 세무사 또는 회계 전문가와의 정기적인 상담이 필요하다. 특히 국세청은 최근 비영리법인의 수익사업과 관련된 세무조사를 확대하고 있어 철저한 대비가 필요하다.

 

비영리법인과 매입세액 공제 요건

 비영리법인이 수익사업과 관련된 비용에 대해 부가가치세를 부담했다면, 그에 대한 매입세액을 공제받을 수 있다. 하지만 이 경우에도 몇 가지 요건을 충족해야 한다. 우선 사업자등록이 완료되어야 하고, 거래 상대방으로부터 적법한 전자세금계산서를 수취해야 한다. 또한 고유 목적사업과 공통으로 사용하는 자산의 경우, 사용 비율에 따라 공제 가능한 세액을 안분계산해야 한다. 예를 들어 차량, 건물, 사무기기 등을 공통으로 사용하는 경우에는 실제 수익사업 비중에 따라 매입세액 공제를 제한적으로 인정받게 된다. 이러한 공제 절차는 세법상 복잡한 편이므로 전산 회계 시스템 또는 세무대리인을 통한 정확한 계산이 권장된다.